Стоит на холме, отделенном широкой долиной речки Болховки от Красной горы — центрального района города.
Впервые Афанасьевская церковь в Пушкарной слободе упоминается в писцовой книге писца Никиты Ивановича Беклемишева и подьячего Осипа Трофимова 1625 г., хотя приход, несомненно, существовал уже в XVI в. «Церковь Афанасия Великого и Кирилла Александрийских древян клецки, а в нем образы и книги и колокола и всякое церковное строение Афанасьева попа Родиона и его отца попа Георгия…» При церкви находилось кладбище, дворы попов и два двора церковных бобылей. Очередной деревянный храм вместо старого был возведен в 1750 г. В 1800 г. на средства купца Адриана Илларионовича Богомолова и «доброхотнодателей» выстроили каменную Афанасьевскую церковь. В 1875 г. она была расширена. Колокольня, построенная в 30-е годы XIX в., первоначально стояла отдельно, но при расширении трапезную удлинили к западу и соединили с колокольней. Кроме главного холодного престола во имя Св. Афанасия и Кирилла, патриархов Александрийских, церковь имела два теплых придела — во имя Владимирской Божией Матери и во имя Св. Андриана и Натальи. Школа грамоты Афанасьевской церкви соединялась с церковно-приходскою школою Георгиевской церкви.
Храм был закрыт в 30-е годы. Тогда же была разобрана его колокольня. В 1989 г. Орловским хозрасчетным реставрационным участком была восстановлена венчавшая церковь главка.
Источник: Болхов из глубины веков до наших дней. Книга вторая (дополненная) / Ред. коллегия: В.Н. Поярков, Л.В. Диконова, Ю.И. Фастов и др. — Болхов, 2023. Рисунок — Маргарита Ивановна Гридина.